北京公司京牌指标的变更流程涉及几个主要步骤。首先，单位需要满足一定的条件才能申请小客车配置指标。这些条件包括注册地在北京的企业，具有统一社会信用代码的有效营业执照，并且上一年度在本市缴纳入库增值税额达到一定金额。具体来说，企业上一年度在本市缴纳入库增值税额5万元（含）以上，可以申请1个指标，每增加50万元可以增加申请1个指标，但年度申请指标数量上限为12个。此外，还有通过固定资产投资额和其他条件来确定可以申请的小客车配置指标的数量。
 
申请配置指标的具体操作包括注册与登录北京市小客车指标调控管理信息系统，填报小客车配置指标申请，以及提交相关材料和信息。申请可以通过系统在线完成，也可以携带相关证件材料到各区对外办公窗口办理。审核通过的申请编码于指标配置当月25日进入摇号池并封存，26日参加指标配置。京牌号网
 
对于京牌小客车变更或转移登记，比如向子女、父母转移登记，或向配偶变更登记等，也有具体的条件和操作流程。例如，个人名下需要有一定数量的本市登记的小客车，并且拟转出车辆登记状态需为正常。接收方（受让方）也需要满足特定条件，如本市户籍、持有有效的身份证件等。变更或转移登记的申请需要由转出方（车辆登记所有人）登录北京市小客车指标调控管理信息系统进行操作。
 
总体来说，北京公司京牌指标的变更流程是一个相对复杂的过程，涉及多个条件和步骤。建议在申请前仔细阅读官方指南，确保满足所有条件，并按照正确的流程操作。